Bueno... Lo que contiene una eeprom puede ser cualquier cosa: datos, código ejecutable o los dos.

El ensamblador/código máquina, además, es específico de cada procesador ó familia; así, hay ensambladores/desensambladores para cada tipo de ellos, p.ej, para el 8088, para x86, para 8052...

Un fichero HEX consiste en escribir "en letra" los números hexadecimales del contenido de los bytes de la memoria en cuestión. Según el desensamblador tienes que pasarlo a binario "puro", esto es, los números directamente. A veces lo llaman fichero BIN. Pero aun teniéndolo, sólo lo puedes desensamblar si sabes para qué microprocesador es, y si es efectivamente código ejecutable.

De hecho, el uso habitual de las eeprom en casi todos los aparatos es almacenar datos de configuración, claves... que deben permanecer en ausencia de tensión (vamos, aun apagando el chisme)

Si das más detalles de lo que intentas...

Saludos!