...es que, al tener DOS discos duros, si has hecho particiones, cuando arrancas no te entra el SO. ¿Es eso?.
Lo que en ese caso sucede es que al arrancar la máquina reconoce la primera partición del maestro como C (arranque) y la PRIMERA PARTICIÓN del esclavo como D (sistema). Claro, si el sistema lo tienes en el primero a continuación de C y la máquina busca los archivos de inicio en el esclavo, evidentemente no los encuentra y no arranca ni a la de tres.

Yo intentaría arreglar el problema con Partition Magic ejecutado desde disquetes:

a) Inicias Partition.
b) Marcas la partición primera del esclavo, que será "D".
c) Pinchas en "Partición", "Avanzado" y "Cambiar letra de asignación".
d) Cambia la letra por cualquiera que te permita, para dejar libre la D, que es la madre del cordero.
e) Pinchas la partición SEGUNDA DEL MAESTRO, que será "E".
f) "Partición", "Avanzado" y "Cambio letra de asignación" y le asignas la "D".

A ver si funciona y nos lo posteas, porque tengo curiosidad ya que a mí me ocurrió ese problema hace tres años y la única forma de resolverlo fué copiar la segunda partición del maestro a la primera del esclavo. Así está desde entonces. Es decir que para el arranque usa los DOS discos duros. Pero entonces el PM no permitía hacer los cambios de letras de asignación (o yo no supe verlo).

Suerte.

Salu2.