Técnicamente no es posible. Un archivo de audio es una única onda, con todas las frecuencias de cada instrumento superpuestas, y es imposible separar los armónicos de cada instrumento.
Un apaño (imagino que es por donde va el amigo thornado) es emplear filtros de frecuencias, quedándote sólo con las más características de un determinado instrumento. Pero no es factible porque estás eliminando un montón de armónicos que es lo que caracteriza el timbre de un instrumento. Por otro lado, siempre te quedarías con frecuencias de otros instrumentos.
Saludos.