hola,

primero aclarate de lo que quieres hacer, de la cantidad de archivos que vas a almacenar y los programas que vas a instalar, en cuanto al problema con el HD, lo primero que tienes que hacer es particionar creando una particion primaria, y despues formatear. para particionar utiliza un disco de inicio y ejecuta FDISK y sigue las instrucciones, una vez particionado puedes arrancar normal y formatearlo desde Windows,

un saludo.