Usa el Virtualdub para extraerle primero el sonido y despues con el tmpgencoder unes audio y video y no habra ninguna descompensacion entre audio y video a mi me va de fabula.

Manual Tmpgencoder

http://www.sandalio.com/dvdvcd/aviavcd.asp

Manual extraer audio con el Virtualdub

http://www.sandalio.com/dvdvcd/audio.asp

Un saludo
Ah se me olvidaba

Programas Virtualdub y Tmpgencoder

http://www.sandalio.com/