@Kartoffen y etaloncete
Al las GreenCard 2 y al Configurador v2.1 no les pasa nada. Funcionan perfectamente.
El problema parece ser la version 4.44 que debe enviar una instrucción inválida que hace que el SIM-EMU se cuelgue y modifique zonas de código que no debería.
Estoy a la espera de una v4.44 para ver si lo soluciono.

@Kartoffen
El Configurador v2.1 requiere que la flash del SIM-EMU esté correctamente grabada en la tarjeta utilizando el ICProg y un TE-20.
El Phoenix no sirve para grabar la flash, el configurador lo utiliza para grabar la EEPROM externa como para realizar el resto de la configuración, pero repito, requiere que esté grabada correctamente la flash.