x jta
Es muy raro que te haga todo el proceso de carga del firmware bien y sin embargo no te funcione una vez que quitas el JTAG. Vamos a dar por válido que todo lo estás haciendo bien (recuerda que no te vemos y lo único que sabemos es lo que nos cuentas), entonces ¿puedes hacer un par de mediciones en el deco?.
Sin JTAG conectado, sin el jumper en JP3 o JP6, es decir tal como viene el deco, mirando el deco desde la parte trasera en el conector JP2 (donde conectamos el JTAG) en la patilla 2 (empezando a contar de derecha a izquierda) debe haber +4´9v. (con el deco enchufado, con el interruptor trasero encendido pero apagado del interruptor delantero, es decir en stand-by) y en las patillas 4, 5 y 6 debe haber +3´2v., si no existen esas tensiones enciende el deco del interruptor delantero y vuelve a medir, si ahora existen tu deco está averiado y no te vuelvas más loco. Para hacer las mediciones lo ideal es un polímetro digital, si se hacen con uno analógico (de los de aguja) las tensiones serán más bajas por la carga del propio polímetro. Ya nos contarás.

x jajoma
El circuito 74HC244N que lleva el JTAG puede funcionar con un rango que va desde 2v. hasta 6v. sin ningún tipo de problema, de hecho hay JTAG modificados en los que la resistencia que puedes ver en la parte inferior es de 220 Ohm. y en otros es de 20 veces más (4.700 Ohm.), es más en algunos casos incluso si quitas la pila del JTAG éste aún puede funcionar, sigue teniendo 3v. en la pata 20, porque una vez conectado al deco aprovecha los 5 voltios presentes en el conector JP2. La tensión que aplicamos al JTAG es casi exclusivamente de refuerzo para asegurarnos que el deco no se nos muera y como puedes comprobar tampoco nos garantiza nada. (Perdona por la brasa).