Pues es muy raro.

Prueba a despues de escrivir y antes de sacar la PCMCIA del CAS a darle a VERIFICAR y comprobaras si lo que ha escrito es lo que le lee.
Si te diera una verificacion OK, pudiera ser que no lo comparas con lo que crees haber cargado.
El XILINX no lo toques.

Pero seria interesante saber que es lo que le cargas para poder decirte porque no la reconoce.
Por la red corren muchas porquerias que no funcionan.
Nunca el XILINX tiene la culpa de que no se inicie en los dekos, siempre es culpa de los firmw que les cargamos. El Xilinx es el DRIVER de comunicacion con la Flahs y el deko. (Explicacion Vulgar pero entendible para no profundizar en explicaciones que lejos de aclarar, confundirian mas).

UN SALUDO.