Buenas.
A mi me paso lo mismo con una unidad.
La veia en bios pero no funcoionaba y la otra si.
La limpie con un cd limpiador de marca y nada.
Desconecté la unidad reboté un par de veces sin ella y luego la conecté y luego todo funcionó correctamente.
Puede ser que tengas la bios hecha un lió. y como estén conectadas las unidades.

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Saludos.
Zim.