Hola.

Las resoluciones de capturas siempre se ven alargadas, en mpg es el programa de reproduccion el que las adapta a la pantalla pero en avi no es asi.

Acabo de ver el canopus, en aspect ratio verás en Desired pixel aspect ratio que pone 1:1, eso es lo que hace que no lo veas alargado.

De todas formas prueba el flaskmpeg, es más lento pero el resultado es mejor.

Saludos.