Solucionado.
Al usar el VirtualDubMode si no le indicaba el principio de la película (incluso ´he tenido que cortar algún frame), al ponerle el sonido este no se iniciaba automaticamente al iniciar la película. Como digo, le he marcado el principio de la película, incluso cortando un poquito y he marcado el final y todo perfecto.
Saludos