Bueno, si tenemos claro que no son los condensadores vamos a revisar el Jtag a ver si va a ser eso.
¿Modelo de Jtag y programa?

1.- Sin modificar (el de la pila recién comprao): necesita alimentación y se carga el firm con Jltasp (creo que lo he escrito bien ¿no?), no te debería de dar problemas mientras tengas cargada la pila.
2.- Modificao (el de la pila con la patilla 4 del integrado cortada y puenteada al pin del DB25 entre otras cosas): Necesita alimentación y el programa a usar es el TDT.
3.- Jtag Deluxe (el que está posteado en la sección MAXIMAL de Zackyfiles): no necesita alimentación y también se usa el TDT. (Este suele dar problemas cuando no se pone bien la masa).

¿Seguimos?

Suerte y un saludo