si tienes un TS no codificado que contenga los dos audios y subtítulos, no necesitas realmente "sincronizar" nada... simplemente lo abres con xproject, modo demux. Doble clickas en el nombre del archivo ya abierto para entrar en la ventana donde editas el punto de incio y final...vuelves a la pantalla principal y en la pestaña subtítulos selecciona formato .sup ..ejecutas el demuxado y con los archivos resultantes autoreas con ifoedit (rápido y mal ya lo sé pero tengo que irme que tengo partido y llego tarde....)