te deberia funcionar, haz una prueba para comprobar que realmente tus favoritos estan en bookmarks.html en la ruta que has puesto

documents and settings\tuusuario\datos de programa\mozilla\Firefox\Profiles\jw8mp4nr.default\bookmarks.html

añade un par de paginas y verifica que el archivo se ha actualizado a la hora de la modificacion,

un saludo.