santyjazz, has probado a modificar en el PC por la BIOS el tipo de Lpt1
1 - Eliminas Puerto Paralelo (Lpt1) desde el administrador de dispositivos
2 - Paras el Pc y al volver a arrancarlo
3 - Entras en la Bios (generalmente pulsando Supr o F2, te lo muestra en pantalla antes de chequear memoria, disco ..) y modificas parámetros de Parallel Port (cambia de ECP a EPP ...)
4 - Sales de Bios grabando e inicias Windows, te detectará la puerta paralela
5 - Prueba desde Jtag (en la barra de menus - tienes la opcion de cambiar el puerto de comunicaciones Com1, Com2, Lpt1 ... asegurate que tienes seleccionada la que utilizas)

Bueno ... se trata de ir descartando posibles causas que originan el problema, si llegado aquí te parece más claro instalarte un Win9x ... a por él ...(aveces lo más drástico y radical suele ser lo más rápido y fiable)

Saludos, suerte y ... al toro!!!