Puede ser que la placa no soporte ese disco ?? La configuración de master, slave o CS está correcta ?? Existen discos que lo mejor es ponerlos en CS para que se pille bien el solito, pero ojo con la conexión al IDE, debe ser correcta para que el CS funcione bien.

Por último, has probado a ponerlo en un Linux y formatear en ext3 y probar que tal va ??