Buenas compañero, puedes hacer una cosa, haz una limpieza de lente a ambas a ver si con un poco de suerte se arregla.
Si sigue sin arreglarse el problema, puedes probar a hacer otra cosa, intenta arrancar con un cd el ordenador y en dicho cd que haya alguna versión "arrancable de windows" (erd commander o windows pe) o de linux (knoppix o ubuntu, etc.. cualquier distribución livecd o livedvd) luego metes un cd o dvd en una de las unidades que no leen bien y miras a ver que pasa, de esta forma miramos si por algún motivo tu instalación de windows está dando algún fallo y detecta las unidades pero no puede trabajar con ellas.

Un saludo.

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