Hola zivago40, tres cosas:

1. Me he construido un Jtag activo con el 74hc244 y pila de 3v, para salir de la duda de si era la placa base moderna o la cpu rápida lo que impedía que funcionase el wrt54g con el ali y funciona correctamente, asi que es la placa base la que no da o recibe los niveles de tensión correctamente. Tiempos de grabar 8K:
P3 a 500 -> 335 seg. k7 2400 (a 2000) -> 187 seg. (en este no va con el de resistencias).

2. La memoria de la que hablas es de 4 Megas y tiene otra distribución de sectores, como no creo que la detecte automáticamente, tampoco se la opción /fc:XX que usas, pero con el datasheet y las definiciones de memorias del wrt54g, puedes probar con esto:
./wrt54g -backup:custom /window:0x1fc00000 /start:0x1fc00000 /length:200000 /skipdetect /instrlen:5 /alienable /fc:30
debe de tratarla como una MBM29LV320TE 2Mx16 TopB (4MB)

3. He visto una versión adaptada al ali y al alemán de la versión que saque de pruebas para xeloa, "aligatorv3_SST_EON_SPANSION.zip" si miras en ggle sale en seguida.

Saludos.