Para la PDA he utilizado el programa NoviiRemote, que es capaz de orientar la pantalla de la agenda de forma tal que el emisor de InfraRojo queda apuntando hacia el frente, que es la forma más cómoda, ya que como sabes la ubicación del puerto varía según el modelo de PDA.
Viene bien para cambiar de canal y prácticamente todas las funciones de los mandos a distancia, con la diferencia de la distancia entre el emisor y el receptor, que es mucho menor en la PDA.

La idea de utilizar el portátil o un equipo de sobremesa, es para conservar una especie de base de datos de los mandos, de forma tal que si alguno se daña sea posible reprogramar algún mando genérico con todas las funciones del dañado. Supongo que con un portátil el alcance del InfraRojo puede ser mayor que con la PDA.

Saludos.