¿Propones un cable desde puerto paralelo para atacar la flash directamente? y alimentado normalmente con su fuente.
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// --- Cable ---
#define SI 2 // Pin4
#define SCK 1 // Pin3
#define CS 0 // Pin2
#define SO 4 // Pin13
--------------------------------------
o sea nada que ver con el conector jtag, pues manos a la obra.

pines de la spansion S25FL016A segun su datasheet



@barrigaverde, el codigo es el archivo que podria ser flapspi.c para ser compilado. Con el flapspi.exe que obtenemos nos deberia hacer un volcado inmediato de los primeros 64 Kb con el nombre boot.saved

Un saludo

PD: he subido al 5, betaversion.zip size 29KB, add 2007-09-01, el exe compilado.