Has probado con esta version de flaps ?, lleva una compilación para W98.
Flaps-prev1.3a.zip

Si quieres que te ayudemos, dános mas información sobre lo que aparece en pantalla, por ejemplo:
Escribiendo el comando y al final "> salida.txt", con esto en vez de dar el resultado en pantalla lo escribe en un archivo de texto, pe puedes poner aquí, además dinos exactamente lo que escribes para ejecutarlo.

Un saludo.