Si te detecta la flash debes de ejecutarlo con esta llamada, teniendo previamente en el mismo directorio un archivo con el bootloader.bin. Pues si utilizas /noerase no la borra.
De todas formas procura utilizar un cable activo (74hc244).

-FLASH:BOOTLOADER /SKIPDETECT /INSTRLEN:5 /ALIENABLE /XELOA /FAST