El amplificador de señal no genera más señal de la que recibe la antena, sino que la amplifica para conseguir que en el cable que hay hasta el deco no se pierda tanta cantidad (especialmente si hay muchos metros de cable).
Es decir, aumenta la señal, pero también el ruido que lleva la señal originalmente. Por tanto, si tenéis problemas con la señal que recibe la antena el amplificador no solucionará esos problemas, puede incluso aumentarlos (por experiencia propia, depende de los casos).
Por lo que decís se me ocurren 2 causas: la antena no está al 100% orientada (algún detalle falta por ajustar), o lo más probable, andáis un poco justos de tamaño, lo que provoca que ante tormentas o lluvia intensa no llegue suficiente señal. A mí me sucede lo mismo con una antena de 60cm que utilizo para "experimentos" cuando la oriento a un satélite que require más diámetro.
Espero que os sirva de ayuda, seguramente algún compañero también os pueda comentar su experiencia y si les ha ocurrido algo similar.
Un saludo