Ni con uno ni con otro.

La Matrix es un módulo de acceso condicional (CAM), mientras que la CF no es más que una tarjeta de memoria como las de las cámaras de fotos.

La Matrix, bien programada y metiéndole los datos necesarios, era suficiente para ver "determinados" canales. Es una CAM como las que venden para meter la tarjeta de abonado y conectarla a la tele para ver los canales de la TDT de pago sin tener que comprar el deco (si tienes un modelo que incorpore una ranura para conectarla, como los LED/LCD con sintonizador digital).
La CF era para que a los decos Galaxis tuvieran la posibilidad de guardar esos datos y poder visualizar esos "determinados" canales una vez cambiado el firmware del receptor por los famosos Easy Rider, porque estos firms normalmente no almacenaban dichos datos en la memoria del receptor (era una forma que tenía la gente que los desarrollaba de sacar dinero, porque no servía otra CF para esto, sólo la que ellos vendían).
Lo que pasó con la versión "3.16 no CF" es que sí se podían almacenar esos datos en la propia memoria del receptor, por lo que ya no era necesario el uso de la CF (de ahí el apellido "no CF").

Espero haberme explicado bien.

De cualquier forma, se trata de unos aparatos obsoletos (hasta donde yo sé, porque hace tiempo que no sigo este "mundillo"). La única CAM Matrix que tiene soporte (actualizaciones) es la Matrix Air (la que tiene conectividad Wifi) y los decos Galaxis son de hace la tira de años y sólo tragaban canales de definición estándar, no los HD que tanto hay por satélite.