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Microsoft Windows XP [Versión 5.1.2600]
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C:\chkdsk ?
Unidad, ruta de acceso o nombre de archivo no válido

C:\chkdsk /?
Comprueba un disco y muestra un informe de estado.

CHKDSK [volumen[[ruta]archivo]]] [/F] [/V] [/R] [/X] [/I] [/C] [/L[:tamaño]]

volumen Especifica la letra de unidad (seguida por dos puntos),
el punto de montaje o el nombre de volumen.
archivo sólo para FAT/FAT32: especifica los archivos donde comprobar
la fragmentación .
/F Corrige los errores del disco.
/V Para FAT/FAT32: muestra la ruta completa y el nombre de
cada archivo en el disco.
Para NTFS: muestra mensajes de limpieza si hay.
[B][COLOR="Red"] /R [/COLOR][/B] Encuentra sectores dañados y recupera la información
legible (implica /F).
/L:tamaño Sólo para NTFS: cambia el tamaño del archivo de registro
al número especificado de KB. Si no se especifica ningún
tamaño, muestra el tamaño actual.
/X Obliga al volumen a desmontarse previamente si es necesario.
Todos los identificadores abiertos al volumen no serán
válidos (implica /F).
/I Sólo para NTFS: realiza una comprobación menos
exhaustiva de entradas de índice.
/C Sólo NTFS: omite la comprobación de ciclos dentro de la
estructura de carpetas.

Los modificadores /I o /C reducen la cantidad de tiempo necesario para
ejecutar Chkdsk ya que omiten ciertas comprobaciones en el volumen.

Creo que tu opción es /R . Abre una consola, pon chkdsk /R y cuando reinicies deja que haga todo el proceso ( creo que son 5 partes , tardará un ratito ) . Cuando vuelvas a iniciar windows normalmente no deberá volver a salir .... a menos .... que por algún motivo tuvieras tildadas las casillas de comprobación de errores de windows ( Propiedades de disco duro - pestaña herramientas - comprobar ahora . Aqui te salen dos pestañas que deben estar desmarcadas )

De paso, abre el editor de registro ( escribe regedit en la pantalla de ms dos o bien en inicio ejecutar ) , y te vas a esta clave :
HKEY_LOCAL_MACHINE/SYSTEM/CurrentControlSet/Control/Session Manager.
esta carpeta no la expandas , pincha sobre ella, y a la derecha te deberá salir el valor Bootexecute , mira a ver lo que pone, te debería poner
autochek autochk * . Si no lo pone ponlo tu misma, abre el valor del registro y sobreescribe la clave borrando lo que pone. Si ninguna de las cosas que te he puesto funcionase, si a las malas no quieres que vuelva a reiniciarse, solo tienes que añadirle a ese valor el autochk /k:C . Besis