aunque te parezca una tontería, también puede ser que la fuente de alimentación de algún pico de tensión en el arranque . Pero antes hay que agotar todas las posibilidades . Pasale todo lo que puedas en a prueba de fallos .
¿ se te ha cambiado el valor del registro otra vez ?
comprueba una cosa: inicio-ejecutar-msconfig , y te vas a la pestaña boot.ini , a ver si te sale algo referente al chkdsk. Y pincha sobre la pestaña comprobar todas las rutas de inicio. Además, comprueba que no tengas tildadas ninguna de las casillas de abajo. Luego nos vemos

PD: la pantallita de borde azul o negra o como sea, vamos, la consola, no se debe de cerrar sola cuando haces eso de fsutil dirty query C:
Tiene que dejarte leer si el disco tiene errores, no se debe de cerrar sola.

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volando voy... volando vengo
Siempre aprendiendo