Hola
Si se puede poner un mkv en en sistema fat 32. La limitacion es que no sea mayor a 4.4 gigas.
Es decir, una peli en 1080p seguramente, no entre en este tipo de discos duros
Recordaros que se puede convertir un disco duro a NTFS, sin perder la informacion que hay en el.
Escribis CMD en el ordenador y entrais en la consola ms dos y escribis esto:

convert e: /fs:ntfs

Donde e seria la unidad de disco.
Por otro lado, los que lo quereis usar de reproductor de medios, me parece que el sonido DTS no es compatible en este caso. No lo he probado con el home cinema, pero creo que no lo reproduce.
Saludos.