claro que se vera por encima, pero para eso está el taponcito "bic" o similar que ademas puede ser del color que escojas.
y lo de hacerlo por debajo es por si se mueve la broca y te raya la chapa, al quedar por debajo no se verá el rascon.
si decides solo pegarlo no lo hagas con loctite o con araldit, hazlo con una "cola de contacto" de las que se usan para pegar cuero y similares pues en el proximo relleno te resultará mas facil despegarlo, bastará meter la punta de un cuchillo e ir despegando.