buenas, yo cuando hice pruebas con mi skystar2 no me dio problemas, grabe con el dvbdream en TS con la opcion "Full TS" activada (opciones > device options > options) y en "Opciones > Preferencias > Grabar > TS records" solo seleccionada la opcion "All audio" todas las demas desactivadas. tampoco me fije si en el log del megui me dio algun error XD , pero el mkv resultante estaba bien. con el canal que probe fue el de orf HD (720p) cuando empezaron con las emisiones de prueba. con 1080 aun no he probado.
el manual que seguir para pasar de ts a mkv fue este http://forum.videohelp.com/topic333634.html

saludos