Yo he probado con ambos formatos.
Graba tanto en FAT32 como en NTFS.
Personalmente prefiero FAT32 por ser mas ágil escribiendo/leyendo
Otra diferencia es el número de archivos que genera.

Un detalle muy importante es la [B]velocidad del dispositivo[/B]. Si pones un pendrive o disco duro lento, el deco mostrará de vez en cuando un cartelito indicando dicha circunstancia y la grabación resultante dará saltos.
Para probar la velocidad de tu dispositivo USB puedes usar el programa gratuito SpeedOut

El espacio ocupado por la grabación está condicionado por varios factores.
[I].- La calidad de la fuente. [/I]
Si el canal a grabar es HD, el tamaño aumenta en un 50% aprox.)
[I].- Lo claro u oscuro que sea el evento.[/I]
Cuando una peli o serie tiene muchas escenas exteriores y mucho sol, va a ocupar mas espacio que otra peli de la misma duración y escenas oscuras.
[I].- La duración propia del evento.[/I]
No ocupa lo mismo una peli de 120' que un capítulo de 40'

En los canales libres (FTA) permite grabar en formato MPEG también.
No he hecho pruebas para saber lo que ocupan, pero imagino que no serán muy grandes, dado que todos los canales actuales FTA emiten en calidad SD.

Con todas estas premisas, y por aportar un dato aproximado, una grabación de 2 horas ocupa unos 4 GB, salvo que sea un documental en plena naturaleza, que puede alcanzar mas del doble.