La frecuencia es el canal, por donde transmiten la información, en este caso el código.

La llave puede traer otros códigos por lo cual aunque sea la misma frecuencia no tiene por que ser compatible, este puede ser el caso.
Puede ser que según año, modelo, etc cambien el código que genere el mando de ahí que en casos funcione y en otros no.
Nosotros tenemos mandos y receptores aparentemente iguales, que trabajan a la misma frecuencia y no por eso son compatibles, cada mando con su receptor y viceversa.
Quizás sea este el problema.

También ten en cuenta que en los coches tienen un número máximo de llaves, por lo cual ese también puede ser otro problema.

Pero si sigue sin funcionar o no es compatible o toca programar con maquina de diagnosis