Simplemente decir que yo he grabado las flashes con el mismo def de la eeprom, es decir, el modificado, y lo ha grabado bien (lo acabo de hacer, asi q no se si dara errores futuros).
Otra cosa, por si haceis un manual o algo, esta vez lo he hecho con un jtag comercial y no me lo reconocio hasta que le quite un puente (jumper) del jtag, por si alguien se vuelve loco con este detalle.