¿Podría ser que el vob nº 2 sea continuación del nº1?

A ver.

Fíjate que si hay en la carpeta un archivo_01.vob, archivo_02.vob, etc... parece ser que VobEdit los abre todos al mismo tiempo.

Comprueba en el archivo resultante del primer proceso si está todo el vídeo o falta algún trozo.

No se me ocurre ningún otro motivo... mira que el vobedit hace "siglos" que no lo uso.

Por cierto, otro programa que te puede ser útil es Super, de ErightSoft. Te permite convertir el Vob en MpegII sin recodificar, es un transcoder.

Al ser archivo MpegII puede ser editado bien por le Tmpenc o cualquier otro de autoría DVD (cortar, poner capítulos...).

Saludos.