PASOS:
Archivo:F>Asistente...:W>Transcodificar/salvar a archivo>next>Elige>Explorar(seleccionas el fichero .mkv)>Abrir>OK>next>Transcodificar video (codec:H264, tasa de bits: 3072); Audio de transcodificacion (codec:MEPG audio, tasa de bits: 192)>next>MEPG TS>next>Escribir nombre de arcivo a salvar: xxxxxxx.ts>Finish y esperar a que se haga el proceso de conversion.

No tengo nada claro si los codecs y tasas de bits seleccionados son los optimos.

La prueba la hice con un fichero .mkv de 58MB (3 min, 33 s). La conversion con el VLC tardo unos 20 minutos, con lo que podeis hacer numeros segun tamaño.

Lo importante, sin duda, el programita de Tonejo.

saludos