Yo los pondria asi:

IDE de la placa: HD maestro, Lector CD/DVD esclavo.
Controladora PCI: Grabador CD/DVD maestro, HD esclavo.

Si como dices no te llegan los cables:

IDE Placa: HD que contenga el S.O. maestro, HD esclavo
Controladora PCI: Grabadora Maestro, Lector esclavo.

La controladora PCI tiene Bios? Lo digo porque hace años, yo tenia una controladora SCSI y podia arrancar perfectamente desde la grabadora que tenia alli conectada aunque no saliera en la Bios del pc.

salu2

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