Lo que tienes que hacer es primero apagar el deco desde el interruptor trasero, lo dejas un momentito apagado y luego vuelves a encenderlo desde el interruptor trasero, comprueba que el jtag esta bien conectado al deco (eso si, antes de encenderlo de nuevo) y ejecuta de nuevo el jkeys (de hecho prueba tambien antes de ejecutarlo a reiniciar el windows, que hay veces que se las trae tambien...).

Si antes pudiste borrar la flash (al igual que he hecho yo muchas veces) no tiene porque haber inconveniente alguno para que el jkeys te reconozca el deco (ya que cuando borraste te lo tuvo que reconocer) y le puedas meter de nuevo el firmware.

Lo que hace el jtag en combinacion con el jkeys es un acceso directo al micro, con lo cual no hace falta que la flash haya nada, no ocurre igual cuando se intenta acceder por el puerto serie, ya que en este caso se accede indirectamente (a traves del codigo que trae el firmware internamente y que se encarga de la gestion del puerto serie).