De la observación de las fotos de la plaquita USB, deduzco:

M5636 - Es el interface USB entre el PC y la plaquita.
M6759 - Es el que se encarga del jtag para flashear la memoria del deco.
ALTERA - Este no se, puede un CPLD para adaptar los dos anteriores.

Pero el que hace la tarea del jtag es el M6759.
Y lo que no cuadra es lo de SDRAM, aunque dandole vueltas ya esta claro, el que programa la flash es el propio ali M3329 ejecutando "flashwr.abs" le flashea "product_av.bin" que previamente le ha metido el USB en la ram.

Si estoy en lo cierto lo tenemos muy complicado, pues la forma en que se lo manda esta ya predefinida en el programa interno del M6759.

Todo esto lo deduzco de las fotos y del README.TXT que hay en /ALIUSB29.

ALi flash writer, version 1.0.1
Get target setting from "sdram_config.txt"...
Reset EJTAG...OK
USB ICE Card Firmware version is 1.0.0
USB ICE Card Driver version is 1.0.0
Please reset the RISC...OK
Init SDRAM with default flow!
Clear both I/D caches

Download tool file "flashwr.abs" to ram...Download success!
Download binary file "product_av.bin" to ram...Download success!
Excecute tool to write flash, length 524288 (0x80000)...

Saludos.