Algo muy importante, si el conexionado es correcto, es asegurarse que los comandos para lectura sean los adecuados, no todas las memorias tienen los mismos. Eso se averigua leyendo en los datasheet.

Después de lo que se ha dicho casi que resulta mas fácil coger el código de flaps y modificarlo para que directamente se pueda conectar a la flash el cable del Jtag