Yo he probado un programa llamado PDF Split and Merge, y funciona bien:

"PDF Split and Merge es una aplicación que nos permite separar sólo una parte de un PDF (útil por ejemplo si sólo nos interesa obtener un capítulo de un libro y no queremos cargar con un fichero de varios megas) o unir varios PDF's separados en uno solo..."

Además, permite crear un sólo archivo pdf proveniente de varias fuentes, como por ejemplo documentos de Word, hojas de Excel y planos de AutoCad (previamente impresos como .pdf, usando jaws pdf).

Saludos.