Es normal lo que te esta pasando. Tu mando original es un mando de codigo dinamico y cuya informacion está en la memoria del receptor. Parte de esta informacion cambia cada vez que usas el mando. El mando copia que te han hecho tiene el mismo nº de serie y el mismo dato de contador que el original y por eso te ha funcionado la copia, pero al ir usando esta, el contador tambien va cambiando de forma y manera que cuando al cabo del tiempo intentas usar el original, éste no funciona. Porque? Porque ha perdido el sincronismo y entonces no es reconocido.
CONCLUSION: El hacer copias de mandos de codigo dinamico en el mismo receptor provoca que este no funcione correctamente y siempre un mando dejara de funcionar. Precisamente por esto se le llama mandos de seguridad. Lo mejor es que lo tires pues eso esta diseñado para que el nº de serie memorizado sea unico.
No se si me he explicado. saludos